1、董事会：
麦吉尔的董事会自1852年起便由英国女王批准与“皇家教育促进委员会”合为一体，共同受到魁北克省法律的保护。现任董事会共由42名董事组成。其中25名从董事会各会员组织任命的候选人中选出；5人从校友会中选出；2人从评议会中选出；3人从学校全职的员工中选出；2人从全职教师中选出；3人从学生选出。
董事会的职权范围包括：
(1)推选名誉校长 (chancellor)、董事长(chain可由名誉校长兼任 )和校长(Principle )
(2)掌管学校财政
(3)任命教师
(4)管理学校其它事务。名誉校长、校长、学生会的负责人是董事会的当然成员。
2. 名誉校长由董事会选出，负责召集董事会与评议会联席会议。现由格雷塔，钱伯斯先生担任。
3、董事长(chair of the Board of Governors)
由董事会选出，负责召开董事会议。同时他还是皇家教育委员会的主席。现由理查德・Ｗ・ 旁德先生担任。
4、校长兼名誉副校长(Principal and Vice-Chancellor)
由董事会选举产生，并经“校长任命法律委员会”任命。他是学校学校与行政的总负责人，并且是校评议会当然的主席。
5、评议会(Senate)评议会由学校各院系及各行政事务部门的负责人组成。它是学校学术方面的最高权威，负责管理招生、教学、学风、学纪、学位授予等事宜。现有91名成员。
总的来说，麦吉尔的管理体系是这样的：评议会与董事会高高在上；其下设校长；校长下再分若干学术副校长及行政副校长。学术副校长下辖各学院院长、各系系主任、研究生院院长及各科研院所的负责人；行政副校长则分管人事、校产及服务、行政事务、财务预算等各部门。
从法律上说、董事会、评议会这两个机构并不完全平行，因为评议会是从属于董事会的，评议会的决策须经董事会的批准。但事实上，象入学要求，教学课程、考试以及推荐获得正式学位以及荣誉学位人选这类事情应由评议会而不是董事会负责，董事会在这些事情上的权力完全是形式上的。这样一种安排，构成了一种董事会――评议会的双层体制。其中两个“会”的成员是不相同的，只有三人在两个“会”中都占有职位，即名誉校长、董事长和校长。根据大学的章程，校长可由董事会选举或任命产生，或者由于职位而成为当然的名誉校长（如御任的校长）。由于这一职位只是荣誉性的，因而真正的执行权力实际上被授予了校长一人（居里校长之后，詹姆士校长之前约1933－1939年之间）也曾有过从幕后走到台前的名誉校长，如爱德华、比蒂先生，他的名言是：“我们不需要一个执行校长――我会去做一切！”但这只是小小的例外，现在再也不会发生。同时，按照现在的习惯，董事长已很少参加评议会议了，只有校长才既是董事会具有选举权的正式成员，又是评议会的主席兼议员。皇家教育促进委员会将校长视为董事会和评议会这两个机构之间的主要联系人并认为他是大学的执行领导。校长对学校的教学与科研全权负责，并对教师任免提出建议；但对他本人的任命则是董事会的责任。这样便确保了董事会成员无法直接干涉学术自由和教师任职。（麦吉尔的董事会虽有任命教师的权力，但其象征意义多于实际意义，如江斯顿校长在任期间就在多个学科领域中建立起了指定受资助的教授席位）。另一方面，董事会的存在又确保了学校不必直接面对政府，因而政府也就不能直接干涉大学的事务。事实上，麦吉尔作为一所私立学校，自建校以来就一直甚少受到政府的干预；尤其是在1960年接受政府拨款之前，政府对它的影响几近于零，麦吉尔的董事们早已习惯于自己选定董事长人选，自主决定学校的发展方针；即使是在1960年之后，学校的这种传统也一直没有大的改变，它基本上是独立于政府的，政府无权干涉它的内部事务。这种体制有力地保证了麦吉尔学术上的个性和学校发展的自主性。
董事会，评议会双层体制，董事会不能直接干涉学校事务，高度的分权制以及学生董事制是麦吉尔管理体制的几个主要特点。事实证明，这套管理模式行之有效，它确保了麦吉尔教学与研究工作的顺利开展，并确保它成为了加拿大第一流的研究型大学。
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